Японы арал болон бүлэг ольтрогт 30 мянган жилийн өмнө анх хомо сапиэнс хөл тавьжээ. Харин энэ арлын өнөөгийн үндсэн оршин суугчид болох япон үндэстний гарал үүсэл одоо болтол тодорхойгүй, маргаантай. Япончуудын тухай хамгийн анхны бичигт үлдсэн дурсгал гэвэл МЭ I зуунд бичигдсэн Хятадын “Хорин дөрвөн түүх” эх сурвалжид бий. Хүний нүүдэл, үндэстний гарал үүслийг тодоройлоход сүүлийн 10 мянган жилийн дотор бол хэл голлох чиг баримжааг гаргаж өгдөг. Япон хэлний генетик холбоос өдгөө тодорхой биш. Үндсэн хоёр таамаг бий. Нэг хэсэг нь япон хэлийг алтай овгийн хэлэнд хамааруулдаг бол, нөгөө судлаачид австронэз овгоос гаралтай гэж мэтгэдэг. Протодарвид хэл, ялангуяа прототамил хэлний үндсэн үгийн сан нь япон хэлнийхтэй таардаг нь ийм дүгнэлтэд хүрчээ. Хэрэв энэ үнэн бол өнөөгийн япончууд 10 мянган жилийн өмнөөс өмнөд азиас зугуухан нүүж хойшилсон болж таарна. Гэтэл өгүүлбэрийн зохион байгуулалт нь алтай овгийнхны хэлтэй адил агглютин бүтэцтэй. Энэ нь япон хэл бүрэлдэхдээ алтай овгийнхны хэл, ялангуяа солонгос нэлний нөлөөнд автжээ гэж үзэж болохуйц. Зарим судлаачид япон хэлийг аль ч бүлэгт багтдаггүй өнчин хэл гэж үздэг.
МЭ VI зууны үеэс Японы Яматогийн удирдагчидын чармайлтаар Японд хятадын соёл хүчтэй нэвтэрч эхэлсэн. Хятад болон эртний Солонгосын Пэгжэ улс нь эх газрын соёлыг Япон руу зөөгч гол суваг байсан аж. Ингэж тийш нь төрийн байгууламж, гар урлал, соёл, урлаг, буддизм, бичиг үсэг нэвтэрч өөриймшив. Өнөөгийн япон хэлний үгийн сангийн 60% орчим нь хятад гаралтай зөөгдмөл үгс гэх.